保健センター（ほけんセンター）は、北大生・北大教職員を対象とする診療所、兼健康管理施設である。札幌市保健所の下部組織で各区に設けられている保健センターとは異なる。
行けば効果が低めの薬をタダでもらえるため多くの北大生が利用していた。
しかし現在では薬は貰えず、処方箋だけ受け取って薬局へ行く必要がある。
2階には精神衛生相談がある。
病状によっては他の病院・クリニックへの紹介状を発行される場合もある。
かつては保健管理センターという名称で「ほけかん」と呼ばれていたためか、現在も広報誌の名称は「ほけかんだより」である。
